"X³ – Reunion" beginnt nur wenige Wochen nach dem Ende von "X² - Die Bedrohung". Nach der Schlacht bei Omycron Lyrae ist die argonische Flotte zerschlagen und weit verstreut. Neue Piloten werden eingezogen, während die Khaak ihre Angriffe auf das X-Universum fortsetzen. Niemand ist sicher, ganze Terracorp-Konvois werden vernichtet und die Paraniden sind von den schweren Angriffen stark in Mitleidenschaft gezogen worden.